In der Zeit der Zugehörigkeit Masurens zum Herzogtum Preußen wurde die Gerichtshoheit in den Städten durch eigene Gerichte wahrgenommen. Auf dem Lande war dafür der Amtshauptmann zuständig.
1751 wurde Neidenburg Sitz einer Justizkommission und eines Domänen-Justizamtes.
Im 18. Jahrhundert gab es in Arys ein Justizamt, das 1813 mit dem Stadtgericht vereinigt wurde.
In Sensburg gab es ein Stadtgericht, das ab 1831 als Land- und Stadtgericht fortgeführt wurde.
1849 wurde in Angerburg ein Landgericht installiert, das 1878 zusammen mit der Staatsanwaltschaft nach Lyck verlegt wurde.
Oberste Instanz für Masuren war Ende des 19. Jahrhunderts das Oberlandesgericht Königsberg. Dem Landgericht Allenstein waren die Amtsgerichte Neidenburg, Ortelsburg und Soldau zugeordnet, dem Landgericht Lyck die Amtsgerichte Angerburg, Arys, Bialla, Johannisburg, Lötzen, Lyck, Marggrabowa, Nikolaiken, Rhein und Sensburg. Auch in Goldap gab es ein Amtsgericht.
Das Amtsgericht Sensburg erhielt 1898 ein neues Gebäude.
Im 19. Jahrhundert wurde die Kreuzritterburg Rhein in ein Gefängnis umgebaut. 1900 wurde in Angerburg ein Mädchenerziehungsheim eingerichtet.
1908 erhielt Passenheim ein Gerichtsgebäude mit einem Frauengefängnis.
1927 - 1928 wurde in Bialla ein neues Gebäude für das Amtsgericht erbaut.
Der Nichtständige Ausschuss des Europäischen Parlaments zur behaupteten Nutzung europäischer Staaten durch die CIA für die Beförderung und das rechtswidrige Festhalten von Gefangenen ermittelte Indizien dafür, dass im Geheimdienst-Ausbildungslager Alt Keykuth Terrorverdächtige zeitweise interniert waren, die über den Flughafen Groß Schiemanen nach Guantanamo ausgeflogen wurden. Zum gleichen Ergebnis kommt Sonderermittler Dick Marty in seinem Bericht an den Menschenrechtsausschuss der Parlamentarischen Versammlung des Europarats. Dieses Lager wurde bereits während des 2. Weltkriegs durch den Sicherheitsdienst des Reichssicherheitshauptamtes und durch das Amt Ausland / Abwehr im Oberkommando der Wehrmacht genutzt.