Es sind nur noch wenige ursprüngliche Pflanzengemeinschaften erhalten.

Zwischen den beiden Weltkriegen gab es in Masuren beachtliche Exemplare des Wacholders. Heute kommt er bei Lipowietz vor und erreicht dort eine Höhe von 14 m.

In den Waldgebieten kommen neben Kiefern (bis 40 m hoch) und Rottannen Stieleichen, Rot- und Hainbuchen, Winterlinden, Ahorn, Weiß- und Moorbirken, Schwarz- und Grauerlen, Eschen und Haselnusssträuche vor. Die Buche erreicht auf der Höhe des Spirding-Sees ihre nördliche Verbreitungsgrenze.

Blaubeeren findet man in der Johannisburger Heide und in den Wäldern zwischen Bialla und Arys und bei Neidenburg, Pilze in der Johannisburger Heide, in der Lycker Seenplatte und in den Wäldern zwischen Bialla und Arys und bei Neidenburg.

Am Spirding-See gibt es große Bestände von Schilf.

Zu den Raritäten gehören Sonnentau, Sibirische Schwertlilie, Norwegisches Fingerkraut, Frauenschuh, Gemeiner Seidelbast, Geflecktes Knabenkraut, Türkenbund, Europäische Trollblume, Kuhschelle, Bärlapp und Gränke.

Die 230 km² große Borkener Heide (polnisch Puszcza Borecka) besteht aus Urwald: 1853 fielen in einer Nacht millionenfach Nonnenfalter in die Forsten um Goldap, Lyck und Angerburg ein. In den folgenden Jahren kam es zum Kahlfraß durch die Raupen, von dem auch die Borkener Heide betroffen war. Nach Aufforstung und jahrzehntelanger Regeration der Wälder vernichteten Orkane erneut den Bestand. Jetzt blieb alles liegen und entwickelte sich zum heutigen Urwald.

Am 4. 7. 2002 raste ein Orkan über die Johannisburger Heide und zerstörte ein Drittel des Baumbestandes. Es werden Jahrzehnte vergehen, bis die öden Waldflächen wieder aufgeforstet sind.